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Análisis genómico de la propagación del COVID-19. Reporte al 27-03-2020

Analizamos 1,495 genomas de COVID-19 compartidos públicamente. Comparando estos genomas entre sí, podemos caracterizar cómo COVID-19 se está moviendo alrededor del mundo y propagando localmente. Actualizaciones de esta semana: Europa Seguimos viendo una fuerte mezcla de muestras en Europa. Esto sugiere que el virus ha seguido moviéndose a través de las fronteras en las últimas 3-5 semanas. A medida que las medidas de mitigación surtan efecto, podremos ver más agrupación de casos por país. América del Norte Dentro de los EE.UU., los

| etiquetas: análisis , genómico , covid-19 , propagación , mundial
  1. #1 #3 #4 #7 Lo publiqué yo aquí, me llevé unos cuantos negativos por intentar dar luz precisamente a esto, es muy esclarecedor en concreto unos parrafos que paso a reproducir de nuevo ya está relacionada directamente al hacer referencia al mismo estudio

    www.meneame.net/m/actualidad/propagacion-coronavirus-europa-contra-nar

    En España existen tres divergencias registradas, la 8006, la 7005 y la 5003. Esto significa que las autoridades sanitarias españolas han proporcionado la secuenciación del código genético del coronavirus obtenido en pacientes, dando como resultado tres variaciones activas en nuestro país. Insistimos, registradas.

    La divergencia 7005 se registró en el Hospital General Universitario de Valencia y procede de la provincia de Hubei en un 50%, de Shanghai en un 33% y de Guangdong en un 4%. Su fecha estimada de llegada a España está entre el 16 de enero y el 21 de febrero y tiene una extensión en Burgos registrada el 4 de marzo.

    La divergencia 8006 se registró en el Hospital General Universitario de Valencia y procede en un 99% de Inglaterra. Las fechas estimadas de llegada a España están entre el 28 de febrero y el 2 de marzo.

    La divergencia 5003 se registró en el Instituto de Salud Carlos III y procede en un 40% de la Comunidad Valenciana, en un 13% Génova, en un 10% Madrid y en un 10% Galicia.

    Las divergencias 5003 y 8006 proceden a su vez de la gran rama 3002, que proviene de Hubei en un 42%, de Inglaterra en un 37%, de Shanghai en un 7% y de Minnesota en un 3%.

    Que nos indican estos datos: una verdad inquietante en dos partes. La primera es que el virus, que ya ha sido secuenciado genéticamente, se introdujo en nuestro país en tres mutaciones, dos que venían de China y Reino Unido a través de Valencia, con una ramificación en Burgos, y otra que tiene procedencia italiana pero que saltó desde Valencia a Madrid y Galicia. Esto, insistimos, respecto a los casos que ha dado tiempo en este caos a secuenciar y que el proyecto Nextstrain ha compilado. Con fechas que se remontan a las dos últimas semanas de febrero.

    Con esta misma secuenciación se ha deducido que el paciente 1 europeo, del que probablemente procede el paciente 1 italiano, es alemán. Se contagió a través de una compañera de trabajo que había estado en Shanghai entre el 19 y el 22 de enero, es decir, incluso antes de que se confinara a la ciudad de Wuhan.


    Vamos que ya lo teníamos aquí invisible, indetectable y propagandose sin control antes de que nadie levantase ni la más mínima voz de alarma
  2. #1 Las infecciones de Italia y España llegaron de Alemania y Reino Unido, probablemente a traves del tránsito de ejecutivos desde estos países a Wuhan. Los genotipos no mienten.

    Más información en este artículo, basado también en los resultados de NextStrain: blogs.publico.es/otrasmiradas/30966/la-propagacion-del-coronavirus-por
  3. #16 Bueno, el artículo tiene un toque político que no habrá gustado a mucha gente, sumale que Público es un medio que tampoco gusta por sensacionalista. Y luego están las karmaputas que creyendo que se va a caer un meneo votan negativo para llevarse karma instantáneo.
  4. ¿Alguien me lo traduce por favor? Es para un amigo que no entiende de análisis genómicos...
  5. #17 Ya te digo. Así como permitir la manifestación del 8M fue un error, cancelar las fallas ha sido un acierto que ha salvado vidas.
  6. Valencia ha exportado mogollon, y eso sin fallas, imaginaos si llegan a celebrarse xD
  7. #3 Por ejemplo demuestra que Italianos y Españoles nos infectaron Alemanes e Ingleses que fueron a China; sirve porque puede "trazar" la evolucion del virus, asi como detectar los focos de propagacion y de infeccion.
  8. #4 buenísimo el artículo, recomiendo leerlo al que no lo haya hecho. Lo leí hace un par de días por un familiar que me lo paso. Muy muy recomendable.
  9. #1 Que nos infectaron alemanes e ingleses que fueron a China.
  10. #11 no lo llegué a ver por aquí, y no entiendo esa cantidad de negativos que se llevó. He alucinado cuando he visto los treinta y tantos negstivos...
  11. #5 Europa
    Asia
    América
    África
    Oceanía
    En mis tiempos era así. Igual dividen las dos Américas
  12. #10 Es el país que más secuenciaciónes genéticas ha hecho, y por tanto el que más información aporta:

    www.infobae.com/america/tendencias-america/2020/03/27/cientificos-isla
  13. #17 La mierda del partido contra el Atalanta que el Valencia pidió aplazar ha hecho que el virus explote en Italia y en España.

    La UEFA es responsable directa de esto.
  14. #23 Esto... no es por nada, pero a mí me salen 6 con esos que dices.
  15. #21 #23. Ellos si, y efectivamente siempre hemos separado Europa y Asia, pero Por que? Por la misma razón que ellos han separado América del Norte y América del sur. Motivos culturales, raciales, políticos...pero no geográficos.
  16. Vamos a morir todos {0x1f631}

    Y ahora en serio. ¿Alguien que entienda nos puede explicar como utilizan esto los investigadores?
  17. #10 A Islandia parece ser que llegó a través de turistas que estuvieron en una estación alpina austriaca en la que hubo muchos contagios.
  18. #16 Bot de VOX...
  19. #1 te sirve para ver cómo se ha expandido el virus
  20. #37 #38 leed el artículo
  21. #21

    Pues debiste prestar poca atención en clase, eso sería en tiempos de mi abuelo porque cuando yo estaba en la EGB (y tengo 52 tacos) aparte de la "tradicional" de cinco continentes (que en realidad eran seis porque faltaba la Antártida) ya se hablaba:
    - Viejo Contiente. Eurasia + Africa (es.wikipedia.org/wiki/Eurafrasia)
    - Nuevo Contienente: América
    - Novísimo: Oceanía (Australia + islas)
    - Continente Austral: Antardida.

    Y como dice #39, no tiene sentido separar Asia de Europa ¿qué lo separa? ¿Los Urales? ¿El Caucaso? Pues por la misma regla de tres separamos la India de Asia que tiene el Himalaya en medio, España de Europa (Pirineos), Andalucía de España (Sistema Bético), .....
  22. Hombre el artículo está bien, salvo por lo irritante que resulta que al referirse a América del Norte solo hable de USA y que diga que hay 6 continentes ( a mi solo me salen 4, salvo que contemos la Antártida como otro), por lo demás es interesante.
  23. #12 Si consideras América 1 y Euroasia otro me salen 4 más la Antártida 5
  24. #5 #13 ¿En serio? ¿No recordáis los continentes?
    America, Asia, África, Europa, Oceanía y la Antártida que también es un contiente, debajo del hielo hay suelo continental, a diferencia del Ártico en el que sólo hay hielo.
    En total 5, ni 4 ni 6.

    #19 ¿Te puedo preguntar porque quieres separar América y juntar Asia con Europa?
  25. #24 Si, si. Si es que no se contar, lo siento.
  26. #4 Entonces Inglaterra y Alemania se contagiaron antes que Italia?
  27. Pedazo trabajo!!! Está genial!!! Datos y datos
  28. #5 contando la Antártida, son seis.
  29. #5 El tema de los continentes es, extrañamente, cultural:
    en.wikipedia.org/wiki/Continent#Number
  30. ¿Implicaciones sobre la viabilidad de una vacuna Universal teniendo en cuenta toda esta variabilidad en tan pocos meses?
  31. #44 Tú sí que prestas atención, aunque respondiendo a más de una semana vista habrás tenido tiempo de prepararte la respuesta. Y aún así... MEEEEEC. Lo de Eurasia está muy bien para 1984, de Orwell, pero así no se estudiaba. Y no, no contaba con África, por mucho que hayas encontrado una referencia en la Wikipedia, bastante trasnochada.
  32. #4 No me cuadra o no lo entiendo bien. ¿Y por qué salen tantos de Islandia?
  33. Gracias por la aclaración.

    ¿Cuando hablas de porcentajes a que te refieres, a probabilidad del origen?
  34. #21 No se trata de en tus tiempos sino de en tu cultura.
  35. Ha petado, efecto menéame, supongo. Heroku bien y todos esos nodos de node-red quedan muy bonitos, pero se agradecería un puto pdf aunque sea.
  36. #27 todo lo q comentas es cierto, pero es un artículo de opinión creo recordar. Hay partes políticas pero otras son objetivas, no entiendo tanto negativo. Lo del Karma siempre me pareció de lo más imbécil posible. Pero seguramente hayas clavado las causas.
  37. #11 Los primeros casos de Burgos llegaron desde La Rioja según la prensa.
  38. #35 #11 Yo apostaría que tiene que ver con la industria del vino (enólogía, viticultura)
  39. #4 y como se sabe que eran ejecutivos?
  40. #18 Lo que significa que alli, estan mas jodidos que en Italia y España, pero lo contabilizan como las emisiones de VW.
  41. #28 En mi cultura (algo obvio) y en el tiempo concreto en que se me enseñó, hace más de 30 años. Hay cosas que se enseñan de diferente manera
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